5 Web Page

Molo Pipeline 提供了一个基于Shiny的在线分析平台，用户可以在本地部署该平台，并通过网页界面进行数据分析和结果展示。

5.1 Molo_web

您可以使用 Molo_web 函数在本地快速部署该网页，进行数据分析和结果展示。下面是 Molo_web 的参数介绍：

参数名	功能	数据类型	输入示例/可选值
molo_env_path	指定Molo环境的路径	character	molo_env_path = “/Anaconda3/envs/Molo/”
data_path	指定数据集的路径	character	data_path = “./data/”
plot_path	指定可视化分析结果的保存路径	character	data_path = “./plots/”

Tip: 所有数据需要按照页面提示 在data_path 中创建二级文件夹保存，如 10X Visium 数据的文件夹为 data_path/visium。直接保存在 data_path 下的数据是无效的!

5.2 Web Page 安装

5.2.1 安装Shiny Server:

sudo apt-get install shiny-server

5.2.2 部署 Molo Pipeline Web App:

将Web App文件夹拷贝到Shiny Server的应用目录下，并启动服务：

sudo cp -r web_app /srv/shiny-server/
sudo systemctl restart shiny-server

5.3 使用 Web Page 运行 Pipeline（以10X Visium为例）

5.3.1 访问本地网页:

打开浏览器并访问 http://localhost:3838/web_app。网页加载后为如下界面：

您可以(1)打开scRNA-seq Analyse菜单，(2)点击10X Visium（蓝色箭头所示），也可以(1)直接点击 Analyse Directly 跳转至10X Visium 分析（绿色箭头所示）。

5.3.2 设置参数:

打开分析后，按照侧边栏提示(1)放置数据文件、(2)设置参数，设置完成后点击(3)RUN按钮启动分析：

5.3.3 运行 Molo Pipeline:

点击RUN按钮后，按照提示确认运行 Molo Pipeline。运行过程中请不要进行任何操作，也不要关闭网页，避免出现不可预知的错误。运行可能会花费一段时间，这取决于您的服务器性能和数据集的大小。运行完成后，结果将在右侧展示。您可以(1)关闭侧边栏，(2)在菜单中选择查看分析结果：

Tip: 如果分析结果中某张图依旧显示 Waiting for Analysis，那么说明执行当前分析时没有得到可用的分析结果。您需要自行检查数据并进行探索性分析，或重新调整参数进行尝试。